語源はどちらも “channel”
「チャンネル」も「チャネル」も英語の “channel” をカタカナ表記したもので、どちらの語も基本的には同じ単語を指しています。英語の “channel” には「海峡、水路、情報(データ・電気・物流)の通り道」などの意味があり、日本語の「チャネル」は英語と同じく「水導管、水路、運河」を指し、「チャンネル」の方はもっぱら「テレビやラジオのチャンネル」を指す用語として使われています。
プログラミング言語の一つである「Go言語」には並列処理を行うのに用いるchannelという機能がありますが、日本語の解説では「チャンネル」ないしは「チャネル」と呼ばれており、表記揺れが発生しています。これはデータのやり取りを行う「チャンネル」とも認識できることが表記揺れの原因になっているようです。
また、投資におけるテクニカル指標となる価格チャートパターンの一つに「平行チャネル」というものがあります。これはローソク足の「通り道」という意味で「チャネル」と名前が付いています（英語では “price channel” と呼ばれています）。
図．平行チャネルの例
なお、世界的に有名な高級ファッションブランドである「シャネル」はフランス語の人名であり、その綴りは “Chanel” と1文字違いなので、「チャネル」とは特に関係がありません。